W wyniku nowelizacji Wytycznych w zakresie kontroli realizacji programów operacyjnych na lata 2014-2020 w treści dokumentu wprowadzono m.in. zmiany dotyczące:
- doprecyzowania zapisów w zakresie zachowania zasady „dwóch par oczu" przy przeprowadzaniu weryfikacji wniosków o płatność beneficjenta (co najmniej ostateczna wersja wniosku o płatność musi być weryfikowana przez dwie osoby),
- dookreślenia kwestii związanej z doborem próby beneficjentów do kontroli krzyżowych (próba wybierana dodatkowo na podstawie analizy ryzyka, a nie jak do tej pory tylko poprzez dobór losowy),
- wydłużenia terminu na zatwierdzanie przez IZ/IP danych do prowadzenia kontroli krzyżowej IF w module Instrumenty finansowe w SL2014 (termin 20 dni roboczych od dnia przekazania informacji przez beneficjenta),
- sprecyzowania opisu rozumienia niewłaściwego łączenia wsparcia IF i wsparcia dotacyjnego,
- uściślenia zapisów dotyczących mechanizmu kontroli krzyżowych instrumentów finansowych.